芳苑分局前身為二林分局。二林分局創設年代久矣，日治時期明治 30年(1897)設台中縣二林辦務署，即有警察部門。大正9年(1920)設二林分室轄二林、沙山監事區10個派出所，隸屬台中州警察部北斗郡警察課。民國34年臺灣光復，設北斗區警察所隸屬台中縣警察局，民國39年改隸彰化縣警察局，民國41年因應地方治安需要成立二林分局。

二林分局辦公廳舍乃日本政府以部分機關用地，並徵收相鄰民地興建。於民國62年原地改建，迄今三十餘年，廳舍老舊，侷促不敷現代化需求，且欲還地於民，乃決定覓地重建。經多年尋覓、協商未果，幸得芳苑鄉公所無償提供芳苑鄉斗苑路現址興建，並經警政署同意更名芳苑分局在案。

芳苑分局總建築經費新台幣9679萬6000元蒙彰化縣政府自民國 93年分三年編列核撥，委由彰晟營造公司承造於民國94年2月23日動土興建，民國95年6月14日竣工，呈口字型建築，外觀宏偉、視野寬敞，優質的辦公環境不僅利於提升服務效能亦利於民眾洽公。芳苑分局將以新名稱、新廳舍、新設備，結合二林分局優良傳統，今後自必為轄內芳苑、二林、大城、竹塘四鄉鎮開創良好治安與優質服務的新紀元。